Modul "Analyse von Genom- und Transkriptomdaten"

Modul „Analyse von Genom- und Transkriptomdaten“ (72370)

Art:                      Vertiefungsmodul, M.Sc. Technische Biologie
Zeitraum:             nach Absprache
Uhrzeit:                nach Absprache
Vorbesprechung: 21.04.2019, 10.30 Uhr
Ort:                      Allmandring 31, Seminarraum des IBVT
Anmeldung:         C@mpus, Modul-Kennung 72370

Das Modul besteht aus einer Vorlesung (2 SWS) und darauf abge- stimmten Übungen (2 SWS) und befasst sich mit den folgenden Inhalten:

• Methoden der Hochdurchsatzsequenzierung
• Qualitätskontrolle von Hochdurchsatzdaten
• Genomassemblierung
• Genexpressionsanalyse basierend auf RNA-seq
• Suchen in Sequenzdatenbanken (Blast)
• Skriptbasierte Verarbeitung von Daten und Ergebnissen
• Prakt. Implementierung grundlegender Algorithmen (z.B. Smith-Waterman) in Python

Ein besonderes Augenmerk liegt dabei auf den Übungen in denen sowohl grundlegende Techniken des Programmierens in Python vermittelt werden, als auch die praktische Analyse realer Datensätze mit einem Galaxy-Server erfolgt.